Иеромонах Илиодор (Труфанов) разделил своих последователей на две группы – собственно копателей и сборщиков провианта – «калачников» (с зажиточных верующих он потребовал принести 50 калачей). Всего в добровольцы записалась 991 семья. Среди них иеромонах проповедовал о скором пришествии Антихриста и конце света, во время которого эти пещеры должны были стать убежищем для верных, а также уверял, что скоро верующим придется скрываться здесь от «светских врагов». Илиодор сравнивал свои подземелья с катакомбами первых христиан. Он лично наблюдал за работами и работающими, приходящими как из Царицына, так и из окрестных селений, и раздавал всем участвующим специальные свидетельства на будущее погребение в катакомбах. Из докладов сыщиков, внимательно следивших за его деятельностью, следовало, что работали в основном женщины и дети. Окончание ходов он доверил немногим избранным лицам, а осмотрел все сделанное некий архитектор из Саратова, составивший и план дальнейших подземных работ. Только за 4 дня работы весь двор и все вокруг покрылось канавами до 3 саженей глубиной и 2,5 аршин шириною. Ходы уходили под храм и остальные корпуса. Усыпальницы рассчитывались на 5000 человек, в них в награду были отведены места для пещерокопателей. Над заполненной нишей усыпальницы писали имя захороненного и вешали лампаду, поддерживая неугасимый огонь. Пещеры представляли собой сложную трехъярусную систему ходов с лабиринтами. Подземелья были обложены кирпичом, под потолком делались своды. Планы их держались в секрете, но из отчета врио Царицынского благочинного о. Алексия Протоклитова мы узнаем, что усыпальница уходила на глубину 4 сажени (8,5 м), ширину имела такую же и проходила крестообразно под храмом (в длину 20 сажен (43 м) и 16 сажен (34 м) поперек). Она шла в 4 яруса, каждый высотой в 2,5 аршина (1,8 м).